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党委的参谋和办事机构，负责落实学校党的思想建设、组织建设、作风建设、制度建设和反腐倡廉的具体工作。

围绕学校中心工作，做好组织协调、公文处理、联络接待、信息公开、机要保密、重要会议及活动组织等综合管理服务工作。

教学事务处是主管全校本科生和研究生的教学工作的职能部门，主要负责招生、培养、教学管理、学生国际交流、毕业就业等方面的工作。

学生事务处围绕学校人才培养目标，通过实施书院制、导师制，为学生综合素质培养提供全面的支撑和服务。

科技发展处是全校科学研究和科技创新能力建设工作的主管业务部门，负责学校科研规划、政策制定；负责推进科教融合、产教融合工作等。

围绕学校办学理念来开展各项国际交流和事务。负责统筹协调管理学校国际合作项目；组织校级外事接待和海外交流活动；负责学校涉外宣传工作等。

致力于建立实用的人事政策及制度，营造良好的学术氛围和创新环境，建立高水平、国际化的一流师资队伍及高效、精干、扁平化的教辅及行政团队。

负责全校财务管理工作和审计管理工作：会计核算和审核监督、编制预算和收支计划、参与经费和资产相关议题讨论、制定财会制度和标准等。

公共服务处是负责学校后勤保障、公共安全和房产及家具资产管理的职能部门。

承担上科大基建项目计划、立项和项目前期工作；负责上科大建设项目组织实施与管理工作。

设备与资产处是学校设备资产采购和管理的职能部门，紧紧围绕学校的发展战略，承担起全校的设备资产采购和管理的任务，以制度建设和信息化建设为抓手，统筹安排、扎实推进，为建设“小规模、高水平、国际化”的研究型、创新型大学提供坚实的物质基础和管理保障。

承担信息基础设施与文献信息服务的管理，负责校园网、云计算中心、高性能计算平台等服务和网络信息安全管理，同时负责校级所有业务信息化系统的建设和集成服务；负责采购文献资源和通用软件并提供咨询使用与培训、拓展科技情报服务等，支撑上科大科研、教学和创新发展。